文摘: Pseudorasbora parva 线粒体基因组序列的测定与分析

众生线粒体基因组展现多态性明显、进化速度快、母系遗传等特性，以变成基因构造、功效、转录、表白接洽的杰出模子。暂时GenBank收录的后灵巧物线粒体基因组1790种。个中脊椎众生1250种，硬骨鱼纲625种，鲤形目（Cypriniformes）98种，鲤科（Cyprinidae）69种，鮈亚科（Gobioninae）12种。本接洽沿用鉴于长PCR与二次PCR相贯串的本领，对麦穗鱼Pseudorasbora parva（鲤科：鮈亚科）线粒体基因组举行序列测定、组建、解释及构造领会。经过共同GenBank收录已测的鲤科鱼类线粒体基因组数据，沿用体例发育学接洽本领，对鲤科鱼类体例发育联系举行接洽，商量各别共同数据集基因的体例发育灵验性。重要论断如次：1、麦穗鱼线粒体基因组长度为16600 bp，源代码37个线粒体基因：13个卵白质基因（COⅠ、COⅡ、COⅢ、ATP6和ATP8；ND1、ND2、ND3、ND4、ND4L、ND5、ND6和Cyt b），2个rRNA（srRNA和lrRNA），22个tRNA基因和一个D-loop遏制区。2、麦穗鱼线粒体基因组碱基构成具备确定的A/T偏差性。全序列A+T含量为58.9%，D-loop遏制区的A+T含量为66.2%，鲜明高于线粒体基因组全序列和卵白质源代码基因。3、麦穗鱼线粒体基因组13个卵白质源代码基因中，除COⅠ的开始暗号子为GTG外，其它卵白质源代码开始暗号子均为通用的ATG。中断暗号子囊括两类：一类是完备的中断暗号子TAA（ND2、COⅠ、ATP6、ND4、ND5、ND6）和TAG（ND1、ATP8）；另一类是不完备的中断暗号子TA（ND3、ND4）和T（COⅡ、COⅢ、Cytb）。4、麦穗鱼的22个tRNA基因均能产生典范的三叶草型二级构造，且都生存确定数手段碱基错配局面，绝大普遍为G-U错配。5、对麦穗鱼的srRNA和lrRNA全序列的二级构造举行猜测，贯串已公布的澳洲鮈塘鳢（Gobiomorphus australis）srRNA和牛（Bos taurus）lrRNA全序列的二级构造比拟创造，rRNA二级构造比拟顽固，个中srRNA二级构造只在茎17、19-20之间，环26、42分别鲜明；lrRNA二级构造只在序列两头分别鲜明。6、麦穗鱼D-loop遏制区坐落tRNAPro与tRNAPhe之间，长度为931bp, A+T含量为66.2%，仅低于卵白质源代码基因的第3位点(69.3%)。比拟创造麦穗鱼遏制区包括2个中断关系序列(TAS1、TAS2)、2个中心顽固序列区（CSB-F、CSB-D）和3个顽固序列区(CSB-1、CSB-2、CSB-3)，个中TAS1可产生潜伏的二级茎环构造，其它鲤科鱼类中同样生存那些特性。7、运用线粒体基因组3种数据集对鲤科鱼类举行体例发育领会，截止表白：鉴于rRNAs数据集领会表露波鱼类群（Rasborins）是鲤科中最基部的类群,它所囊括的分门别类单位不具单系 性，其它的鲤科鱼类聚为两个系群：鲃系（Barbine）和雅罗鱼系(Leuciscine)。个中鲃系的鲤亚科、裂腹鱼亚科和鲃亚科聚为一个单系类群。雅罗鱼系中，北美散布的鱥类和欧亚散布的雅罗鱼类共通产生一个单系群；鮈亚科产生单系群；东亚私有的鲴类、鲌类、波鱼类、草鱼和黑鲩产生一个单系类群；丁鱥属雅罗鱼系丁鱥亚科。亚科分门别类可详细为：（波鱼亚科，（（鲤亚科，（裂腹鱼亚科，鲃亚科）），（丁鱥亚科，（（鲴亚科， 鲌亚科），（鮈亚科，雅罗鱼亚科）））））。麦穗鱼和朔方麦穗鱼以很高的自举值聚到一道。8、鉴于13个卵白基因序列和共同数据集的领会截止为:（（鲤亚科，（鲃亚科，裂腹鱼亚科）），（波鱼亚科，（（鲴亚科， 鲌亚科），（丁鱥亚科，（鮈亚科，雅罗鱼亚科）））））,同样不扶助波鱼亚科、雅罗鱼亚科为单系群，有争议的丁鱥产生丁鱥亚科。麦穗鱼和朔方麦穗鱼一直聚在一道，种间分别很小，与样式分门别类和分子进化截止普遍。 

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