免费论文摘要：四种山雀线粒体基因组的测定及雀形目鸟类体例爆发接洽

为了进一步接洽雀形目鸟类线粒体基因组构造和序列特性以及体例爆发联系，本接洽鉴于长距PCR扩大与增加并测定和解释了雀形目山雀科黄颊山雀（Parus spilonotus）、褐冠山雀（Parus dichrous）、褐头山雀（Parus songarus）以及北褐头山雀（Parus montanus baicalensis）4个种的全线粒体基因组。共同NCBI数据库中已颁布的雀形目鸟类38条序列及本试验室测定的13条（山雀科11条，长尾山雀科2条）全线粒体基因组序列，以雁形目四个种为外群，运用各别的领会本领，对雀形目鸟类的体例爆发和衍化联系举行了重修。同声，运用Beast 软硬件对雀形目重要类群的分别功夫举行了预算。重要截止如次：（1）黄颊山雀（Parus spilonotus）、褐冠山雀（Parus dichrous）、褐头山雀（Parus songarus）以及北褐头山雀（Parus montanus baicalensis）四个种的线粒体基因组（mtDNA）巨细辨别为16 768 bp、16 800 bp、16 783 bp和16 783 bp；与典范的脊椎众生线粒体基因组一律，均囊括13个卵白源代码基因，22个转运RNA基因（tRNAs）以及2个核糖体RNA基因（12S rRNA与16S rRNA）在前的37个基因和1个非源代码的遏制区。（2）4个种mtDNA的37个基因中，卵白质基因ND6和8个tRNA基因（trnaA、trnaS、trnaC、trnaE、trnaN、trnaQ、trnaY、trnaP）由轻链（L链）源代码，其他28个基来由重链（H链）源代码，且基因陈设程序与已知的雀形目鸟类沟通，没有基因的插入、缺点和失误大概倒位局面。（3）在4个种的mtDNA中，卵白质基因（PCGs）、rRNAs、tRNAs及遏制区等各组分AT与GC的含量基础邻近，无鲜明的碱基偏差性。基因组中Leu、Thr、Ala、Ile和Ser这五种氨基酸酸的频次最高，占到了一切氨基酸酸的50%安排。（4）4个种的tRNAs中，除tRNASer(AGN)基因的DHU臂缺点和失误外，其他tRNA均可产生典范的三叶草构造。4个种的 tRNAArg、tRNAVal和tRNAIle极为顽固，二级构造中没有展示碱基错配，其他均有错配，且大局部为G-U之间的错配。（5）对4个种mtDNA中2个核糖体RNA基因（12S rRNA和16S rRNA）的二级构造辨别举行了猜测。每个种的12S rRNA均囊括4个构造域，47~ 48个茎环构造；16S rRNA均囊括6个构造域，55~60个茎环构造。（6）经过克隆径直测序后得悉，黄颊山雀线粒体基因组遏制区生存长度导电性。（7）运用mtDNA数据集、卵白质（PCGs）数据集以及12S rRNA基因，以最大似然法和贝叶斯法对雀形目鸟类的体例爆发和分子进化联系举行了建立。所得截止均扶助雀形目鸟类两亚目（鸣禽亚目和亚鸣禽亚目）的分别办法；扶助将鸣禽亚目下分别为雀小目和鸦小目。山雀科的单系性获得扶助，但莺总科的单系性被中断。长尾山雀与燕科的联系比拟近，倡导将其独立动作一科生存。其余，琴鸟科在雀形手段场所仍须要进一步领会考证。其余重要类群的体例爆发联系极为宁静。（8）雀形目动作单系群在平等分歧岁月23.01 Ma（95% HPD 13.94 ~ 23.63 Ma）展示，随后在17.72 Ma（95% HPD 9.61 ~ 17.74 Ma）也即是中新世布尔迪加尔功夫分裂为两大支系，即此刻的亚鸣禽亚目和鸣禽亚目。山雀科展示的功夫比拟晚，在平等分歧功夫5.72 Ma（95% HPD 3.58 ~ 5.85 Ma）之间。尔后一段功夫，也即是从上新世发端到第四纪的革新世晚期发端了会合的赶快分裂，这有大概和其时的地质产生事变相关。 

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