免费论文摘要：棒花鱼和红尾荷马条鳅线粒体基因组测定及领会

棒花鱼Abbottina rivularis（Basilewsky）普遍散布于除青藏高原外澜沧江以南的各重要淡水水系，是我国特产的一种袖珍财经鱼类。荷马条鳅属Homatula是我国私有类群，暂时，对红尾荷马条鳅Homatula variegata（Sauvage et Dabry）的样式学分门别类位置生存争议，大普遍鸿儒将其归入到副鳅属，近期局部鸿儒觉得副鳅属是西亚私有类群，而红尾荷马条鳅却是华夏的私有类群，以是该当把它归入到属于本人的属级类群中，即荷马条鳅属。本接洽沿用LA-PCR与Sub-PCR相贯串的本领对棒花鱼和红尾荷马条鳅旬阳坝种群线粒体基因组全序列举行扩大与增加，而后将Sub-PCR扩大与增加与纯化产品径直举行测序、拼接、解释和领会。将从NCBI数据库中载入的已收录的32种鲤形目鱼类及本接洽测定的棒花鱼和红尾荷马条鳅线粒体基因组全序列分为rRNAs、PCGs和rRNAs & PCGs三个数据集，以脂鲤亚手段大鳞脂鲤和电鳗亚手段裸背电鳗为外群，沿用MP法、ML法和贝叶斯推广法建立体例发育树，对鲤形目物种的体例爆发联系举行领会。重要论断如次：1．棒花鱼和红尾荷马条鳅线粒体基因组全序列长度辨别为16597 bp和16570 bp。两个物种的基因组构成构造均与其余鲤形目鱼类的基因组构成构造普遍，线粒体基因组均囊括：22个tRNAs基因、2个rRNAs基因、13个PCGs及一个非源代码区（D-loop）。2．棒花鱼线粒体基因组全序列具备A+T偏差性，A+T %含量为55.7 %，其余， tRNAs基因、rRNAs基因、PCGs和非源代码区等构成局部也具备A+T偏差性，A+T %含量辨别为55.4 %、54.1 %、55.3 %和64.9 %。红尾荷马条鳅线粒体基因组全序列的碱基构成也有A+T偏差性，A+T%含量为55.6 %，其全序列的AT偏移值为恰巧（0.061151），GC偏移值为负值（-0.22072），证明红尾荷马条鳅基因组全序列中碱基A和C的含量辨别高于T和G。3．棒花鱼线粒体基因臃肿区7处24 bp，臃肿碱基数从1-7 bp不等，个中PCGs之间臃肿区4处；基因间隙区12处60 bp，间隙长度从1-31 bp不等，最大的间隙区坐落tRNAAsn与tRNACys基因之间，间隙长度为31 bp。红尾荷马条鳅线粒体基因组中也生存基因臃肿与间隙局面，基因臃肿区8处29 bp，臃肿碱基数从1-10 bp不等，个中4处臃肿区坐落PCGs之间；基因间隙区11处63 bp，间隙长度从1-30 bp不等，最大的基因间隙也坐落tRNAAsn与tRNACys之间，间隙长度30 bp。4．在棒花鱼和红尾荷马条鳅的PCGs中，除COI基因的开始暗号子为GTG外，其他12个基因的开始暗号子均为ATG。两种鱼类的PCGs中均含有实足中断暗号子和不实足中断暗号子两种。5．除tRNASer(AGN)基因外，其他21个tRNAs基因均不妨折叠成典范的三叶草型二级构造。两种鱼类的tRNAs基因二级构造中均生存确定数目的碱基错配，且以G-U错配为主。6．棒花鱼和红尾荷马条鳅rRNAs（12S rRNA和16S rRNA）基因，均坐落tRNAPhe基因与tRNALeu(UUR)基因之间，而且被tRNAVal基因隔绝，A+T%含量辨别为54.1 %和53.9 %。7．在WANCY地区中均创造了轻链复制开始位点（OL），坐落tRNAAsn与tRNACys之间，有折叠为宁静臂环二级构造的潜能，在OL序列中创造了顽固基序5′-GGCGGG-3′。棒花鱼OL全长34 bp，红尾荷马条鳅OL全长33 bp。8．棒花鱼和红尾荷马条鳅的非源代码区均坐落tRNAPro 和 tRNAPhe基因间，全长辨别为928 bp、923 bp，经过与其余硬骨鱼类线粒体基因组遏制区及各地区要害序列和顽固序列的比对，创造棒花鱼和红尾荷马条鳅线粒体基因组的遏制区均囊括中断序列区、中心顽固区和顽固序列区三个功效区。9．运用MP法建立的3种体例发育树等分为三支，个中条鳅亚科的马氏梵条鳅独立聚为一支，这与ML法和贝叶斯推广法建立的发育树拓扑构造各别。ML法和贝叶斯推广法建立的体例发育树聚类情景基础普遍，不过分支援内地建设各亚科的对立场所有些各别。10．用三种本领建立的9种发育树中，两种群红尾荷马条鳅均聚在一道，而后辨别与斯氏高原鳅、贝氏高原鳅、须鳅和背纹南鳅聚在一道，产生条鳅亚科支系，这从分子体例爆发上面扶助了把红尾荷马条鳅划归到属于荷马条鳅属中的看法。

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