免费论文摘要：棉花纤维和胚珠线粒体基因RNA-seq测序及RNA编纂位点的决定

RNA 编纂是指爆发于基因转录后的加工化装局面，囊括核苷酸的插入、缺成仇替代。1986年RNA编纂初次在原灵巧物锥虫线粒体基因cox2上创造。随后的接洽表白，RNA编纂普遍地生存于宏病毒、真菌、植被和众生细胞中。在高档植被中RNA编纂的一致办法为C-U的变化，也生存小批的U的插入和U-C的变化。已有接洽表白，RNA编纂具备底栖生物学意旨。棉花是一种要害的纺织纤维材料，本课题组前期仍旧实行棉花叶绿体卵白源代码基因RNA编纂位点的测定，截止表露棉花叶绿体基因转录本中有较多的RNA编纂位点。但棉花线粒体中RNA编纂位点还鲜有通讯。本接洽以棉花徐州142(WT) 的纤维及其无毛渐变体(fl)的胚珠为资料，沿用RNA-seq测序和RT-PCR扩大与增加测序等本领，测定和领会了棉花纤维和胚珠线粒体基因的RNA编纂位点，博得的重要接洽功效如次：1、RNA-seq测序表露棉花纤维成长发育进程中，线粒体基因组中所有有 626 个RNA编纂位点，在基因组的源代码区和非源代码区均有散布。野生型徐州 142 的纤维有 560 个编纂位点，无毛渐变体的胚珠中有 543 个编纂位点；个中 479 个编纂位点为纤维和胚珠公有，79 个编纂位点为纤维私有，64 个为胚珠私有；纤维样本的编纂功效一致高于胚珠样本；胚珠中，卵白源代码区编纂位点数较纤维少4.8 %，基因间隙区较纤维少 3.0 %。2、棉花线粒体的RNA编纂具两种典型，C-U的编纂及小批U-C的编纂。14 个U-C编纂事变中，除去rpl16-362和atp4-423外，其他12 个编纂位点在基因间隙区，个中 7 个编纂位点为纤维和胚珠公有，6个编纂位点为纤维私有。纤维和胚珠中均检验和测定到线粒体tRNA编纂局面，坐落基因组37077位，对应tRNAAsn的第33位碱基。3、对两种棉花线粒体基因转录丰度举行领会，截止表露：胚珠中有 4 个基因明显上调，4 个基因明显下调。明显上调的基因囊括atp4、atp8、ccmFN和rpl10，下调的基因囊括：atp1、ccmFC、nad3和rps12。4、进一步运用克隆测序法对两个样本卵白源代码区的RNA编纂位点举行了检验和测定，截止表露：高通量测序的截止能掩盖克隆测序截止的78 %，经过滤除冗余编纂位点，两种测序本领所有赢得了 685 个RNA编纂位点，个中纤维样本中含有617个编纂位点，胚珠样本中含有598个编纂位点。纤维样本中经过高通量测序赢得的卵白源代码区中私有的编纂位点有56个，克隆测序私有的编纂位点有60个，辨别比胚珠样品多13和1个。5、棉花纤维和胚珠中的卵白源代码基因有26 分别编纂位点，散布于nad4、sdh4、atp1、rpl10、rps4、ccmFN及matR中。ccmFN生存最多分别编纂位点达9个，atp1有5个分别编纂位点，sdh4、matR、rps4、rpl第10中学各有2个编纂位点，nad4与nad9有1个分别编纂位点。除去 nad4、sdh4、matR上的5个编纂位点为胚珠私有外，其他21个编纂位点为纤维样本私有，个中有11 个位点编纂后，使相映氨基酸酸的顽固减少。6、棉花线粒体卵白源代码基因中，RNA编纂重要爆发在暗号子第一位及第二位，占源代码区编纂位点的86 %。对源代码区 395 个编纂位点编纂前后氨基酸酸的变革领会表露：63 个编纂位点为安静编纂；332 个编纂位点可形成氨基酸酸的变换。155 个位点明显感化氨基酸酸本质，个中，天生疏水氨基酸酸的RNA编纂占83.2 %。大局部棉花线粒体编纂位点并不许回复氨基酸酸的顽固性。所以，与植被叶绿体RNA编纂各别，植被线粒体中的RNA编纂位点大概以中性办法进化。

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